Baseline genetic survey of Pecos bluntnose shiner

Authors: Osborne, Megan J., Turner, Thomas F.

Year: 2006 (xxxviii)

Abstract

Pecos bluntnose shiner, Notropis simus pecosensis, is a threatened fish now restricted to less than 300 km of the Pecos River in eastern New Mexico. Historically, it was more widely distributed in the river, but construction of dams and reservoirs and altered flow regimes caused local extirpations and an alarming decline in the remaining population. The Pecos Bluntnose Shiner Recovery Plan (U.S. Fish and Wildlife Service, 1992) includes reintroductions into suitable habitat within its historical range and the development of broodstock and/or refuge populations. The plan also states that broodstock/refuge population sizes and spawning methods should seek to minimize loss of genetic material. Prior to this study, no genetic data was available for this fish. Between 2004 and 2006, genetic data was obtained from 332 individuals collected from throughout the current range. Individuals were screened for variation at seven nuclear microsatellite loci plus mitochondrial DNA. Major findings include: 1) contemporary N e was a fraction of the historical estimate of effective size; 2) both mitochondrial and microsatellite DNA showed moderate to high levels of allelic diversity, and mitochondrial DNA was characterized by an unusually high number of rare alleles present at frequencies of less than 2% -hence most individuals had one of the two most prevalent haplotypes; and 3) the population is panmictic (i.e., not genetically divergent between spatially distinct sampling localities) throughout its current range.

Resumen

Revisión de la genética básica de la carpita chata del Pecos La carpita chata del Pecos, Notropis simus pecosensis , es un pez amenazado restringido en la actualidad a menos de 300 km de tramo del Río Pecos al este de Nuevo México. Históricamente ha estado distribuída más ampliamente en el río pero la construcción de presas y reservorios, además de la alteración en el régimen de flujo de agua, han causado desapariciones locales y una alarmante disminución de la población remanente. El Plan de Recuperación para la carpita chata del Pecos (Servicio de Pesca y Vida Silvestre de Estados Unidos, 1992) incluye reintroducciones y desarrollo de poblaciones refugio o reproducidas y sembradas a hábitats adecuados dentro de su área de distribu ción histórica. El mencionado plan establece que el tamaño de dichas poblaciones y los métodos de desove deberían buscar el minimizar la pérdida de material genético. Antes de iniciar este estudio, no existían datos genéticos disponibles sobre este pez. Los datos genéticos fueron obtenidos

entre 2004 y 2006, de 332 organismos colectados a lo largo de su área actual de distribución. Todos los ejemplares fueron analizados para variación en siete locu s de ADN microsatélite y ADN mitocondrial. Los resultados más relevantes incluyen: 1) el tamaño efectivo (Ne) contemporáneo fue una fracción del estimado histórico del tamaño efectivo; 2) Ambos ADN, el mitocondrial y el microsatélite, mostraron niveles de moderados a altos en diversidad alélica, y el ADN mitocondrial estuvo caracterizado por un alto número inusual de alelos raros presentes en frecuencias menores al 2% – de aquí que la mayoría de los organismos presentaron uno de los dos haplotipos más prevalecientes; y 3) la población es panmíctica (i.e., genéticamente no-divergentes entre lugares de muestreo espacialmente distintas) a lo largo de su área de distribución actual.