A summary of genetic variation in the pupfishes of Ash Meadows/Death Valley

Authors: Echelle, AA, Echelle, AF

Year: 1999 (xxxi)

Abstract

In the early 1990s, we surveyed allozyme variation in 11 local populations of pupfish in an analysis of evolutionary relationships. Ten of our samples were from populations subsequently included in surveys by others of variation in mitochondrial DNA and “Swimmer 1,” a family of retrotransposable elements. We found high agreement between the two nuclear approaches regarding levels of genetic variation within populations, both for the entire data set (rS = 0.88, P < 0.0005) and for a data set restricted to seven samples of Cyprinodon nevadensis (rS = 0.83, P < 0.025). Proportion of genetic diversity attributable to the species-level taxonomy was also similar, and was distributed as follows: among species = 48% for allozymes, and 40% for retrotransposons; among populations within species = 15% and 13%; within local populations = 37% and 45%. The proportion of the diversity in C. nevadensis that was attributable to the subspecies taxonomy was somewhat divergent between the two types of nuclear data; 25% for allozymes and 8% for retrotransposons. As expected, mitochondrial DNA showed greater differences among samples, with only 12% of the diversity attributable to within-population variation. The pattern of variation across these three sets of data indicates that genetic drift has played a major role in structuring the genetic diversity among pupfishes of the region.

Resumen

Resumen de la variabilidad genética en peces cachorritos de Ash Meadows/Valle de La Muerte Al inicio de la década de los 1990, investigamos la variabilidad de alozimas en 11 poblaciones locales de peces cachorritos en un estudio sobre relaciones evolutivas. Diez de las muestras eran de poblaciones incluidas subsecuentemente en investigaciones por otros investigadores de variabilidad en el ADN mitocondrial, y en el “Swimmer 1”, una familia de elementos retrotransponibles. Encontramos una buena concordancia entre los dos enfoques nucleares en relación con los niveles de variabilidad genética dentro de las poblaciones, tanto para todo el conjunto de datos (r 2 = 0.88, p < 0.0005) como para una fracción de los datos restringida a siete muestras de Cyprinodon nevadensis (r2 = 0.83, p < 0.025). La proporción de diversidad genética que se puede atribuir a la taxonomía al nivel de especies también fue similar, distribuida como sigue: entre especies = 48% para alozimas, y 40% para elementos retrotransponibles; entre poblaciones dentro de especies = 15% y 13%; dentro de poblaciones locales = 37% y 45%. La proporción de la diversidad en C. nevadensis que se puede atribuir a la taxonomía al nivel de subespecie fue algo divergente entre los dos tipos de datos nucleares; 25% para alozimas y 8% para elementos retrotransponibles. Tal como se esperaba, el ADN mitocondrial mostró mayor diferencia entre muestras, con tan sólo 12% de la diversidad atribuible a variabilidad dentro de la población. El patrón de variabilidad entre todos los tres conjuntos de datos indica que la deriva genética ha sido fundamental en la estructuración de la diversidad genética de los peces cachoritos de la región.