Population genetic variability of the Yaqui catfish (Ictalurus pricei (Pisces: Ictaluridae) in the Yaqui River Basin, Sonora, and Chihuahua

Authors: María Irais Trujillo-Villalba, José Manuel Grijalva-Chon, James E. Brooks, Alejandro Varela-Romero

Year: 2011 (xliii)

Abstract

The Yaqui catfish (Ictalurus pricei) is the native species recorded in Yaqui, Sonora, and Mayo, Fuerte, and Casas Grande basins in Northwest Mexico. Actually, it now only occurs in the Yaqui and Fuerte rivers. Official conservation status is threatened. Because of the impact of the introduction of exotic catfishes (I. punctatus, I. furcatus) which occurs in their natural habitats, and records of hybridization with the former exist, the status of this species is proposed to change to endangered. Beyond actual and potential threats to the Yaqui catfish by the use of congeneric catfishes for aquaculture, the knowledge of genetic population structure is required for the conservation of this national native genome. This work evaluates the genetic variability between Bavispe and Aros-Papigochic-Sirupa (Tutuaca) subbasins in the Yaqui basin to know the population genetic structure for conservation and potential uses in aquaculture. The genetic variability was estimated by analysis of the nucleotidic sequences of the control region (CR) of the mitochondrial DNA in the Bavispe and Tutuaca subbasins in Sonora and Chihuahua. From 33 specimens collected in the Tutuaca River, and 30 of the Bavispe; fin clips were obtained for DNA amplifications by specific primers. The complete sequence of the CR was obtained from 63 specimens to conduct the analysis of the population structure by means of Arlequin software. Control region sequences genetic variation at the level of nucleon diversity, nucleotide diversity, haplotype diversity, homogeneity of genetic frequencies, and differentiation between populations.

El bagre Yaqui (Ictalurus pricei) es la especie nativa para las cuencas de los ríos Yaqui, Sonora, Mayo, Fuerte y Casas Grandes en los estados de Sonora, Chihuahua y Sinaloa en el Noroeste de México. Actualmente sólo habita las cuencas de los ríos Yaqui y Fuerte. Su estatus de conservación oficial en México es amenazado. Debido al impacto por la introducción de bagres exóticos (I. punctatus, I. furcatus) que ocupan sus hábitats naturales y del primero se han registrado eventos de hibridación se ha propuesto cambiar su estatus a en peligro de extinción. Dadas las amenazas actuales sobre el bagre Yaqui y las potenciales por el uso de bagres congéneres exóticos para acuicultura, urge conocer la estructura genética poblacional de este representante del germoplasma nacional. Este trabajo evaluará su variabilidad genética en las subcuencas de los ríos Bavíspe y Aros-Papigochic-Sirupa (Tutuaca) en la cuenca del río Yaqui para conocer la estructura genética poblacional con fines de conservación y utilización acuícola potencial. La variabilidad genética se estimará por PCR-RFLP y análisis de las secuencias nucleotídicas de la región control (RC) del DNA mitocondrial de las subcuencas de los ríos Bavíspe en Sonora y Tutuaca en Chihuahua. De los 33 especimenes recolectados en la subcuenca del río Tutuaca y 11 del Bavíspe se tomó tejido de aleta pélvica y se extrajo el DNA para la amplificaron de la RC utilizando cebadores específicos. Para su análisis por PCR-RFLP se utilizaron 9 endonucleas de restricción y se secuenció cada producto de PCR para el análisis de su variación. Para el procesamiento de la información se utilizarán Arlequín, PHYLIP y PAUP. La variabilidad genética se calculará por la estimación de la diversidad de nucleón y la diversidad de nucleótido, por el número de sustituciones netas de nucleótidos, la homogeneidad de las frecuencias de haplotipos, el porcentaje de divergencia de secuencias entre haplotipos y el análisis Gst entre muestras. Hasta el momento se logró obtener la región control completa de las 33 muestras pertenecientes al Río Tutuaca y de 5 de las 11 muestras del río Bavíspe.

Resumen

El bagre Yaqui (Ictalurus pricei) es la especie nativa para las cuencas de los ríos Yaqui, Sonora, Mayo, Fuerte y Casas Grandes en los estados de Sonora, Chihuahua y Sinaloa en el Noroeste de México. Actualmente sólo habita las cuencas de los ríos Yaqui y Fuerte. Su estatus de conservación oficial en México es amenazado. Debido al impacto por la introducción de bagres exóticos (I. punctatus, I. furcatus) que ocupan sus hábitats naturales y del primero se han registrado eventos de hibridación se ha propuesto cambiar su estatus a en peligro de extinción. Dadas las amenazas actuales sobre el bagre Yaqui y las potenciales por el uso de bagres congéneres exóticos para acuicultura, urge conocer la estructura genética poblacional de este representante del germoplasma nacional. Este trabajo evaluará su variabilidad genética en las subcuencas de los ríos Bavíspe y Aros-Papigochic-Sirupa (Tutuaca) en la cuenca del río Yaqui para conocer la estructura genética poblacional con fines de conservación y utilización acuícola potencial. La variabilidad genética se estimará por PCR-RFLP y análisis de las secuencias nucleotídicas de la región control (RC) del DNA mitocondrial de las subcuencas de los ríos Bavíspe en Sonora y Tutuaca en Chihuahua. De los 33 especimenes recolectados en la subcuenca del río Tutuaca y 11 del Bavíspe se tomó tejido de aleta pélvica y se extrajo el DNA para la amplificaron de la RC utilizando cebadores específicos. Para su análisis por PCR-RFLP se utilizaron 9 endonucleas de restricción y se secuenció cada producto de PCR para el análisis de su variación. Para el procesamiento de la información se utilizarán Arlequín, PHYLIP y PAUP. La variabilidad genética se calculará por la estimación de la diversidad de nucleón y la diversidad de nucleótido, por el número de sustituciones netas de nucleótidos, la homogeneidad de las frecuencias de haplotipos, el porcentaje de divergencia de secuencias entre haplotipos y el análisis Gst entre muestras. Hasta el momento se logró obtener la región control completa de las 33 muestras pertenecientes al Río Tutuaca y de 5 de las 11 muestras del río Bavíspe.