Genetic Variability and Inbreeding of the Sonoyta Pupfish Cyprinodon eremus Miller and Fuiman, 1987, in Artificial Refuge and Wild Populations of Sonora, Mexico. (Variabilidad Genética y Endogamia del Pez Cachorrito del Sonoyta Cyprinodon eremus Miller y Fuiman, 1987, en Refugios Artificiales y Poblaciones Silvestres de Sonora, México)

Authors: Roman Rodriguez-Ramirez, Alejandro Varela-Romero, Nohelia Guadalupe Pacheco Hoyos, José Manuel Grijalva Chon, Marco Antonio López Torres, Anthony A. Echelle

Year: 2018

Abstract

The Sonoyta Pupfish is an endemic species from the Sonoyta River basin (Sonora) and the Quitobaquito Spring (Organ Pipe National Monument) along the international border. Anthropogenic impact has been the main cause of the reduction of Sonoyta Pupfish populations. As a conservation strategy, refuge populations were established in Sonora and Arizona. However, there is a lack of studies of the refuge populations of Mexico and the United States, and they were established without considering the genetic variation and the structure of the populations of origin. The isolation of each refuge population can cause its reduction in genetic variability, making it impossible to use it in future reintroductions in natural habitats. The goal of this work is to evaluate the genetic variability and the population structure of the refuge and wild populations of the Sonoyta Pupfish. For the genetic evaluation, wild specimens’ populations and existing artificial refuges have been collected (Centro Ecológico de Sonora y Centro Intercultural de Estudios de Desiertos y Océanos) and DNA extractions were performed. The PCR protocol for 10 microsatellites was standardized to evaluate the number of alleles (A), the heterozygosity observed (Ho), the genetic differentiation estimates of the microsatellite data (Rst). As advances, 565 PCR products from 10 microsatellite loci have been obtained, where polymorphism has been found.

El cachorrito del Sonoyta es una especie endémica de la cuenca del río Sonoyta (Sonora) y el manantial de Quitobaquito (Monumento Nacional Organ Pipe) a lo largo de la frontera internacional. El impacto antropogénico ha sido la principal causa de la reducción de las poblaciones del cachorrito del Sonoyta. Como estrategia de conservación, se establecieron poblaciones de refugio en Sonora y Arizona. Sin embargo, se carece de estudios exhaustivos de las poblaciones de refugio de México y Estados Unidos, ya que se establecieron sin considerar la variación genética y la estructura de las poblaciones de origen. El aislamiento de cada población de refugio puede causar su reducción en la variabilidad genética imposibilitando su uso en futuras reintroducciones en hábitats naturales. El objetivo de este trabajo es evaluar la variabilidad genética y la estructura poblacional de las poblaciones de refugio y silvestres del cachorrito del Sonoyta. Para la evaluación genética, se han colectado ejemplares de poblaciones silvestres y de los refugios artificiales existentes (Centro Ecológico de Sonora y Centro Intercultural de Estudios de Desiertos y Océanos) y se realizaron las extracciones de ADN. Se estandarizó el protocolo de PCR para 10 microsatélites para evaluar el número de alelos (A), la heterocigosidad observada (Ho), las estimaciones de diferenciación genética de los datos de microsatélites (Rst). Como avances se han obtenido 565 productos de PCR de 10 loci microsatélites, donde se ha encontrado polimorfismo.